清代是由满族行使统治权的朝代。由于其边地少数民族的特殊身份，故而思考和处理问题的角度与以往的汉族政权多有不同。其对少数民族问题和宗教问题重要性有深刻理解，而设立专门机构对此类事务进行管理，就是这种理解的重要体现。
    早在清入关之前的崇德元年（1636年），清廷便设立蒙古衙门，置承政、参政各官。三年（1638年）更名为理籓院，定承政，左、右参政，各一人，副理事官八人，启心郎一人。顺治元年（1644年），改承政为尚书，参政为侍郎，满、蒙参用。副理事官为员外郎，与明制接轨。至乾隆十六年（1750年），定以礼部尚书衔掌院事，侍郎衔协理院事。而后，以隶礼部未合旧制，停兼衔，依六部例，令入议政，班居工部后。理藩院设录勋、宾客、柔远、理刑四司，置满、蒙郎中共十有一人，乾隆四十二年增蒙古一人。四十九年改满洲二人为蒙缺。员外郎二十有一人。其官缺例分满、蒙、汉，康熙二十年增满、蒙八人。乾隆四十二年省蒙古一人。四十九年改满洲六人为蒙缺。主事满、汉各四人。康熙二十八年省汉缺。乾隆四十九年改满洲二人为蒙缺。康熙二十年（1681年），增蒙古文主事二人。三十八年，析柔远司为二，曰前司，曰后司。四十六年，设银库，初制，蒙古王、台吉等入朝，由户、工二部及光禄寺庀器用，具廪饩。至是始创设。置郎中、员外郎各一人，司员内奏派。司库一人，库使四人。雍正元年（1723年），始命王、公、大学士领院事，省库使二人。乾隆二十二年（1757年），改录勋司为典属，宾客司为王会，柔远后司为旗籍，前司仍曰柔远。二十六年，合旗籍、柔远为一，增设徠远一司。明年，仍析旗籍、柔远为二。二十九年，改典属司为旗籍，旧旗籍为典属。嘉庆四年（1799年），改满洲郎中、员外郎各一人为宗室员缺。咸丰五年（1865年），定伊犁塔尔巴哈台通商章程，始司外交职务。十年，定中俄续约，以军机处及本院典外交文移。后外交权限移交总理衙门。光绪三十二年（1906年），更院为部，拟设殖产、边卫二司。嗣先设编纂、调查二局，隶领办处，以汉档房、俸档房、督催所改并。汉档房主事缺未省。寻置员外郎、主事各一人。蒙古房改。俱蒙缺。宣统三年（1911年），改尚书为大臣，侍郎为副大臣，额外侍郎如故。旋清廷退位，理藩院亦与之偕亡。
    为体现对少数民族事务的重视，理籓院管理院务大臣，满洲一人，历来特简大学士为之。尚书，左、右侍郎，俱各满洲一人。间亦有蒙古人为之。额外侍郎一人。以蒙古贝勒、贝子之贤能者任之。
　　就其职掌而言，尚书掌内外籓蒙古、回部及诸番部，制爵禄，定朝会，正刑罚，控驭抚绥，以固邦翰。侍郎贰之。旗籍掌考内扎萨克疆里，大漠以南曰内蒙古，部二十有四：曰科尔沁，曰扎赉特，曰杜尔伯特，曰郭尔罗斯，曰敖汉，曰奈曼，曰巴林，曰扎鲁特，曰阿鲁科尔沁，曰翁牛特，曰克什克腾，曰喀尔喀左翼，曰喀喇沁，曰土默特，曰乌珠穆沁，曰浩齐特，曰苏尼特，曰阿巴噶，曰阿巴哈纳尔，曰四子部落，曰茂明安，曰乌喇特，曰喀尔喀右翼，曰鄂尔多斯，为旗四十有九。畴封爵，凡六等：一亲王，二郡王，三贝勒，四贝子，五镇国公，六辅国公。不入六等者，曰台吉、塔布囊，亦分四等。辨谱系。凡官属、扎萨克之辅曰协理台吉。其属曰管旗章京，曰副章京，曰参领，曰佐领，曰骁骑校。部众会盟、盟地六：曰哲里木，曰卓索图，曰昭乌达，曰锡林郭勒，曰乌尔察布，曰伊克昭。置盟长、副盟长各一人，由扎萨克请简。军旅邮传，并隶治之；兼稽游牧内属者。凡归化城土默特、黑龙江布特哈皆是。王会掌内扎萨克宾礼，典朝觐、贡献仪式。凡飨赉、馆饩，视等级以为差。典属掌外扎萨克部旗封爵，大漠以北曰外蒙古，部四：曰土谢图汗，曰赛音诺颜，曰车臣汗，曰扎萨克图汗，为旗八十有六。又有杜尔伯特部，土尔扈特部，和硕特部，辉特部，绰罗斯部，额鲁特部。别于蒙古者，曰和托辉特，曰哈柳沁，曰托斯，曰奢集努特，曰古罗格沁，并属。以外扎萨克封爵有汗，以列王、贝勒、贝子、公之右。无塔布囊，有台吉。治盟会。喀尔喀四盟：曰汗阿林，曰齐齐尔里克，曰克鲁伦巴尔和屯，曰扎克毕拉色钦毕都尔诺尔。杜尔伯特二盟：曰赛因济雅哈图左翼，曰赛因济雅哈图右翼。土尔扈特五盟：曰南乌讷恩素珠克图，曰北乌讷恩素珠克图，曰东乌讷恩素珠克图，曰西乌讷恩素珠克图，曰青塞特奇勒图。和硕特一盟：曰巴图塞特奇勒。盟置盟长、副盟长各一人，于同盟扎萨克内简用。惟青海之盟无长。置邮驿，颁屯田、互市政令；兼稽游牧内属者。一曰察哈尔，二曰巴尔呼，三曰额鲁特，四曰扎哈沁，五曰明阿特，六曰乌梁海，七曰达木，八曰哈萨克。柔远掌治外扎萨克众部，凡喇嘛、番僧禄廪、朝贡，并司其仪制。这无疑属于宗教事务的范围。徠远掌回部扎萨克、伯克岁贡年班，番子、土司亦如之；并典外裔职贡。附牧回城卡伦外，曰布鲁特。内附者各给以衔，岁遣使输马。他哈萨克，若浩罕，若博罗尔，若巴达克山，若爱乌罕，并各效其职贡。理刑掌蒙古、番、回刑狱诤讼。领办处掌综领众务。银库掌帑金出纳。
    此外，理藩院尚兼领蒙古繙译房，员外郎、主事各一人，司官内奏委。校正汉文官二人，满、蒙内阁侍读学士、侍读、翰林院侍读、侍讲学士、侍读、侍讲内奏派。主章奏文移。内、外馆监督各一人，六部司员内充补。光绪三十三年（1907年）省。主宾馆缮完涤除。乌兰哈达、三座塔、八沟司官各一人，分驻塔子沟笔帖式一人，嘉庆十五年（1810年）撤回，并四处司员俱改为理事官，隶热河都统，仍由本院司员内简放。分主蒙古部落民人讼事。察哈尔游牧处理事员外郎十有六人，以在京蒙古各旗与察哈尔各旗官员内番选。由护军、骁骑校选用者授员外郎。由中书、笔帖式选用者，先授主事，三年称职，升员外郎。分主游牧察哈尔民人讼事。张家、喜峰、独石、杀虎、古北诸口管理驿站员外郎、司员内奏委。笔帖式各一人，主蒙古邮驿政令。围场总管一人，康熙四十五年（1706年）置。乾隆十四年（1749年）始来隶。嘉庆七年（1802年）后，改隶热河都统。左、右翼长各一人，章京八人，初制六品。乾隆十八年升五品。骁骑校八人，主守木兰围场，专司巡察。其后，；理藩院建制及职掌趋于稳定，鲜有更张。
    在咸丰初成立总理各国事务衙门之前，外交事务主要归礼部负责。但理藩院也负责一些当今看来属于外交方面的事务。比如俄罗斯事务亦归理藩院办理。其分工基本上按陆路来“贡”者归理藩院，海路来“贡”者归礼部。
    从历史角度言之，理藩一职清以前历代从未设专官，唯周朝之“大行人”与之相近。秦、汉以降略存规制。而为少数民族进行管理而设立专门机构，诚为有清之创制。清与当代相去不远，了解并研究理藩院的分工职掌，对我们当今的民族工作无疑会有一定的借鉴作用。